Für Japan sind es nur noch wenige Wochen, bis auch hier der Zweite Weltkrieg mit der bedingungslosen Kapitulation zuende geht. Die vornehmlich aus Holzhäusern gebaute Stadt Kobe steht nach einem Brandbombenabwurf zum Großteil in Flammen. Der 14-jährige Seita (Stimme im japanischen Original: Tsutomu Tatsumi) hat es geschafft, sich mit seiner etwa 4-jährigen Schwester Setsuko (Ayano Shiraishi) in Sicherheit zu bringen. Beide Kinder hoffen, dass auch ihre Mutter (Yoshiko Shinohara), die einen anderen Luftschutzbunker aufsuchen musste, überlebt hat. In einer Grundschule, die als erste Anlaufstelle für die ausgebombten Einwohner ausgewiesen wurde, muss der Junge dann aber erfahren, dass seine Mutter schwerste Verbrennungen erlitten hat und höchstwahrscheinlich bald sterben wird. Er entschließt sich, der kleinen Setsuko die Wahrheit zu ersparen und sagt ihr nur, dass sie ihre Mama erstmal nicht besuchen können. Als die Mutter schließlich ihren Verbrennungen erliegt und die Kinder auch von der kaltherzigen Tante (Akemi Yamaguchi) nicht versorgt werden, beschließen Seita und Setsuko, in einen alten Bunker umzusiedeln. Ganz auf sich allein gestellt, müssen sie gegen Krankheit und Hunger ankämpfen…